En 1248, le successeur d’Eudes Ier (ou Odon Ier) Clément, mort le 5 mai 1247 à Déville-lès-Rouen, l’archevêque Eudes II (ou Odon II) Rigaud autorisa les Cordeliers à occuper le lieu-dit du “Donjon”. Vers 1250, sous le règne de saint Louis, les religieux étaient voisins du domaine de “l’évêque de St-Cande”, le prélat de Lisieux possédant une proche enclave dans Rouen, en raison de l’existence de concessions entre l’ancien pouvoir ducal et les autorités religieuses.
Dès 1251, la “fontaine” dite Gaalor aurait même été conduite en ville au profit des Cordeliers qui en obtinrent une concession pour leur propre usage six ans plus tard.
Il faut noter que l’archevêque Eudes II Rigaud, franciscain, était issu du premier couvent des Cordeliers qui, pendant une vingtaine d’années, se maintint hors la ville, à St-Marc, dans la paroisse de St-Maclou. Eudes II Rigaud put ainsi favoriser les Cordeliers de Rouen. Déjà, Guillaume de Tancarville, l’un de leurs anciens et généreux donateurs mort avant l’installation définitive, avait pu faire déposer, en 1248, son cœur dans l’église des Cordeliers...

Selon l’historien François Farin, le très ancien “Châtel” du duc Rollon, aurait été édifié sur ce site au X^e siècle. Seule, l’église St-Pierre-du-Châtel, proche de la rive de la Seine, du premier château ducal, conserve dans son nom ce lointain souvenir. A l’angle des rues des Cordeliers et des Charrettes devait se trouver le fameux “Donjon”.
Frère Noël Taillepied, cordelier de Rouen, auteur des Singularités de la ville de Rouen nous a apporté quelques précisions sur le passé des Franciscains. En fait, les religieux avaient obtenu l’église St-Clément, inclue dans la donation qui leur était faite.
La chapelle St-Clément originelle se situait probablement à l’emplacement d’une autre chapelle de l’église des Cordeliers bâtie ultérieurement et dite chapelle des Cinq Martyrs.
La paroisse de St-Clément était certainement l’une des plus antiques de la cité, l’une des plus vastes et son église semblait remarquable. Supprimée en 1249, elle fut partagée entre St-Martin-du-Pont et St-Etienne-des-Tonneliers. St-Clément avait été élevée en des temps anciens. Le chevet était bien sûr tourné vers l’Orient.
Une nouvelle église St-Clément de Rouen, un édifice moderne de style néo-gothique mais achevé en 1872 a été bâtie depuis.
Avec un édifice religieux si important mis à disposition des Frères Mineurs, la communauté érigea aussitôt St-Clément en église conventuelle. Le sanctuaire des Franciscains conserva toujours le même vocable et ses principaux traits architecturaux depuis sa réédification en 1242, en tant qu’église paroissiale. En ce milieu du XIIIème siècle, le monument d’une ampleur plutôt considérable se caractérisait par un large vaisseau double, coiffé d’une voûte en bois. Il possédait un petit clocher gothique.