Les béguines étaient primitivement installées par Saint-Louis en bas de la rue des Jacobins (actuelle rue de Fontenelle). La construction du château par le roi d'Angleterre Henri V amena leur départ.
Elle s'installèrent en 1444 dans la paroisse Saint-Vigor dans une rue Saint-Vigor qui porte maintenant leur nom.
L'église avait été consacrée en 1520, sous le vocable de Saint-Louis.
Elle ont été remplacées en 1632 par les Bénédictines , elles-mêmes transférées en 1675 place de la Rougemare.
Lors de travaux, au XIX^e siècle, on a trouvé un passage souterrains reliant l'église à l'église paroissiale Saint-Vigor.
L'église a été sécularisée ensuite. Une bonne partie des bâtiments ont été détruits.

Il reste des vestiges importants de l'église des Béguines. On peut les voir en pénétrant dans la cour intérieure d' un hôtel particulier de la rue des Bons-Enfants.
Une splendide arcature romane provenant de l'église est conservé dans le cloître du Musée des Antiquités.
Une judicieuse restauration récente a permis de les mettre en valeur.